La Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio) considera que hay 46 especies endémicas de Jalisco en peligro de extinción.
Al ser una entidad con una extensa biodiversidad, hay una lista extensa de especies endémicas de flora y fauna protegidas por la Norma Oficial Mexicana NOM-059.
Para considerar si un animal o planta es considerado como exclusivo de una zona o región de Jalisco, se realizan arduas investigaciones.
Especies endémicas de Jalisco en peligró de extinción
En los registros del Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad (SNIB) se señalan que en Jalisco hay 853 especies endémicas, tanto animales como vegetales, de las cuales 46 están en peligro de extinción.
| Clase | Especies animales en peligro de extinción |
| Mamíferos | 5 |
| Aves | 6 |
| Reptiles | 4 |
| Anfibios | 0 |
| Peces | 13 |
| Lampreas | 1 |
| Insectos | 0 |
| Caracoles | 0 |
| Camarones, cangrejos y parientes | 0 |
| Corales, medusas y parientes | 0 |
Algunas de las especies endémicas de Jalisco que se encuentran en peligro de extinción más conocidas son yaguarundí, ocelote, musaraña de cola larga tapatía, tortuga de lodo de Jalisco… pero hay muchas otras más que desafortunadamente se encuentran en esta lista.
Especies mexicanas de mamíferos en peligro de extinción
- Yaguarundí
- Ocelote
- Musaraña de cola larga tapatía
- Zambullido menor
- Murciélago platanero
Especies endémicas de aves en Jalisco en peligro de extinción
- Gorrión serrano
- Chara de Beechy
- Mascarita del Lerma
- Loro corona lila
- Cotorra serrana occidental
- Rascón azteca
Especies endémicas de reptiles en Jalisco en peligro de extinción
- Xantusia sanchezi
- Casquito de Vallarta
- Rana leopardo de patas grandes
- Tortuga de lodo de Jalisco
Especies endémicas de peces en Jalisco en peligro de extinción
- Neotoca bilineata
- Charal tarasco
- Mexcalpique negro
- Mexcalpique mariposa
- Algansea popoche
- Mexcalpique de Tamazula
- Mexcalpique de escama
- Allotoca dugesii
- Mexcalpique de Tuxpan
- Allotoca goslinei
-
Mexclapique Viejo
- Zoogoneticus tequila
- Neoophorus regalis
Especies endémicas de lampreas en Jalisco en peligro de extinción
- Chapala lamprey
Tipos de fauna amenazados en Jalisco
Yaguarundí
A causa de la destrucción de su hábitat por la deforestación y el abuso de la agricultura en la región; este animal ve amenazado su existencia.
Ocelote
Otro felino en peligro de extinción y su causa es por la caza furtiva y la invasión de asentamientos humanos en su hábitat natural.
Es asesinado por los hombres para evitar deprede a sus aves de corral y otras especies domésticas.
Musaraña de cola larga tapatía
Su nombre hace referencia al gentilicio más popular de los habitantes de Guadalajara, este mamífero se distribuye en los estados de Jalisco, Guerrero, Michoacán y México.
Habita en bosques de enebro de roble-pino, con elevaciones entre 1875 y 3048 msnm. También se encuentra en cañones montañosos húmedos, en aquellas zonas donde existe una profunda capa de humus y de hojarasca.
Zambullidor Menor
Un ave que incluso cuenta con una protección especial en México; su hábitat incluye lagos, estanques de agua dulce, pantanos, manglares y ríos poco caudalosos. El zambullidor menor prefiere aquellos cuerpos de agua con abundante vegetación, llegando a vivir en humedales completamente bloqueados por plantas.
Tortuga de lodo de Jalisco
Su presencia se extiende por la costa del Pacífico sur de México, desde el río Cihuatlán hasta el río San Nicolás. También vive al norte de Jalisco y de Nayarit. En cuanto a sus hábitats favoritos, son los estanques con agua clara o fangosa, que pueden tener o no vegetación sumergida.
Rana leopardo de patas grandes
Su hábitat se extiende al sur de Nayarit, al oeste de Jalisco, en Michoacán y al sur de Guanajuato. En estas regiones habita en ríos, lagos y piscinas permanentes en matorrales, así como en bosques de robles y pinos. Dichos ecosistemas ocurren en alturas comprendidas entre 823 y 1.520 msnm.
