La Comisión Estatal del Agua de Jalisco (CEAJ) identifica que todos los ríos del estado se dividen en tres grandes grupos, con la característica común de que todos van hacia el océano Pacífico.
En su portal de internet enlista a 30 ríos que corren a lo largo del territorio estatal; los nombres más populares o conocidos son el Santiago, Lerma, Cuitzmala y Cuale.
El primer grupo destacado es el Lerma-Santiago; es el más importante en cuanto a recursos hídricos de todo el Estado. El río principal que pertenece a esta región es el Lerma, el más largo de los ríos interiores del país.
Nace en el estado de México y desemboca en el lago de Chapala tras recorrer 750 kilómetros.
Del lago Chapala nace el otro gran río de esta región hidrográfica, el Grande Santiago. Su influencia es muy grande: las tres cuartas partes de la población se agrupa alrededor de sus aguas.
El segundo grupo son los que desembocan en el océano Pacífico, se caracteriza por ser ríos más cortos, porque las sierras en donde nacen están cerca de su desembocadura en el Pacífico.
Entre los ríos que desembocan en el océano el más importante es el Ameca, que nace en el cerro del Colli. Está ubicado en la frontera con el estado de Nayarit y tiene 230 kilómetros de longitud.
También allí se encuentra el río Cihuatlán, sirviendo como frontera con Colima. Este forma la bahía de Barra de Navidad en su desembocadura.
El resto de los ríos son los del sur del Estado; el más importante de esta región es el Armería. Este tiene su lugar de nacimiento en la Sierra de Quila, en el centro de Jalisco.
Recibe varios nombres durante sus 240 kilómetros de recorrido. En su origen se le conoce como río Atengo, después como río Ayutla, y justo antes de salir de Jalisco se le llama río Ayuquila. Desemboca en el estado de Colima, es las aguas del Pacífico.
